Kompleksowe zmiany w VAT 2026/2027 oraz rewolucja w Ordynacji Podatkowej

Kompleksowe zmiany w VAT 2026/2027, KSeF oraz rewolucja w Ordynacji Podatkowej

Przełom 2026 i 2027 roku przynosi bezprecedensową kumulację zmian w podatkach, która fundamentalnie redefiniuje obowiązki działów finansowo-księgowych.

Od 1 października 2026 r. obowiązuje już nowelizacja Ordynacji podatkowej (ustawa z 29 maja 2026 r., Dz.U. poz. 846), która zmienia zasady składania korekt i odzyskiwania nadpłat, znosi raportowanie krajowych schematów MDR i podwyższa limit korekt dokonywanych przez urząd skarbowy. Od 1 stycznia 2027 r. KSeF obejmie ostatnią grupę podatników, a wraz z końcem okresu przejściowego znikną faktury wystawiane z kas rejestrujących i paragony z NIP uznawane za faktury. Równolegle wchodzi w życie szeroki pakiet zmian w VAT (ustawa z 4 września 2026 r.), który obok uproszczeń formalnych wprowadza poważne ryzyka – w tym rozszerzenie odpowiedzialności solidarnej nabywcy na usługi niematerialne (IT, księgowość, doradztwo, reklama).

Celem szkolenia jest praktyczne przygotowanie uczestników do nadchodzącego przełomu. Program krok po kroku wskazuje punkty zapalne w strukturach firm, analizuje uchwalone przepisy i projekty będące w toku prac oraz przełomowe orzecznictwo (w tym wyroki TSUE w sprawach C-276/24 i C-114/22). Odrębny blok pokazuje, jak administracja skarbowa automatycznie analizuje dane z KSeF i JPK. To niezbędny przewodnik, który pozwoli zabezpieczyć prawo do odliczenia VAT i uchroni firmę przed sankcjami.

I. Ordynacja podatkowa po zmianach od 1 października 2026 r.

• Uproszczenie procedury odzyskiwania nadpłat (koniec dwutorowości):

  • Likwidacja obowiązku składania odrębnego wniosku o stwierdzenie nadpłaty – korekta deklaracji złożona po terminie sama wszczyna postępowanie, a dzień jej złożenia jest dniem wszczęcia.

  • Przepis przejściowy: nowe zasady dotyczą wyłącznie korekt złożonych od 1 października 2026 r.

  • Zmiany w terminach zwrotu i oprocentowaniu nadpłat oraz nowe przesłanki przerwania biegu terminu zwrotu.

  • Nowe reguły dla byłych wspólników rozwiązanych spółek cywilnych oraz wygasłych Grup VAT.

• Nowy obowiązek uzasadniania korekt (granica 10 000 zł):

  • Obowiązek dołączania pisemnego uzasadnienia przyczyn korekty przy nadpłatach przekraczających kwotę 10 000 zł.

  • Kiedy uzasadnienie pozostaje fakultatywne i jak podejść do jego formułowania, by uniknąć wezwań fiskusa.

• Zwiększenie uprawnień urzędu do samodzielnej korekty (czynności sprawdzające):

  • Podwyższenie progu do 10 000 zł (z dotychczasowych 5 000 zł), do którego urząd skarbowy może sam poprawić błędy w deklaracji (np. JPK_V7).

  • Likwidacja przesyłania kopii skorygowanej deklaracji na rzecz nowej informacji o przyczynie korekty.

  • Procedura i zasady wnoszenia sprzeciwu przez podatnika (termin 14 dni na anulowanie korekty urzędowej).

• Zapłata podatku i ulgi w spłacie:

  • Podwyższenie limitu skutecznej zapłaty podatku za inną osobę z 1 000 zł do 5 000 zł.

  • Zamknięty katalog zwolnień i powiązań rodzinnych (kto może zapłacić bez limitu i jak prawidłowo opisać dowód wpłaty).

  • Umorzenie podatku jeszcze przed terminem płatności – nowy sposób wygaśnięcia zobowiązania, wyłącznie na wniosek podatnika.

  • Zaliczanie wpłat na poczet rat oraz brak zaokrągleń przy częściowym pokryciu zaległości i odsetek.

• Zmiany w postępowaniu podatkowym:

  • Nowe zasady doręczania pism podatkowych.

  • Zgłaszanie, odwoływanie i treść pełnomocnictwa.

  • Przesłuchanie świadka i strony na odległość przy użyciu urządzeń technicznych.

  • Doprecyzowanie sposobu obliczania terminów procesowych; zmiany w tajemnicy skarbowej i udostępnianiu akt.

• Radykalne ograniczenie raportowania schematów podatkowych (MDR):

  • Całkowite zniesienie obowiązku raportowania krajowych schematów podatkowych (pozostają wyłącznie uzgodnienia transgraniczne).

  • Likwidacja obowiązku posiadania wewnętrznej procedury MDR oraz informacji MDR-2; zmiany w definicjach promotora i wspomagającego.

  • Zasady zachowania tajemnicy zawodowej (adwokat, radca prawny, doradca podatkowy) i nowe zasady składania MDR-3 przez pełnomocnika.

  • Wyłączenie MDR z zakresu interpretacji indywidualnych – co z wnioskami złożonymi przed 1 października 2026 r.

II. KSeF – doświadczenia pierwszych miesięcy i zmiany od 1 stycznia 2027 r.

• Praktyka 2026 r.: tryb offline24 a prawo do odliczenia VAT w świetle pierwszych wyroków, faktury „scamowe” i ostrożność przy ich zgłaszaniu, odbiór faktur zakupowych przez podmioty jeszcze niewystawiające w KSeF.

• Objęcie obowiązkiem KSeF najmniejszych podatników – koniec limitu 10 000 zł brutto sprzedaży fakturowanej miesięcznie.

• Koniec możliwości wystawiania faktur z kas rejestrujących.

• Paragon z NIP do 450 zł – nadal można go wystawić, ale przestaje być fakturą uproszczoną; skutki dla odliczenia VAT i dokumentowania drobnych zakupów.

• Obowiązek podawania numeru KSeF lub identyfikatora zbiorczego w przelewach między czynnymi podatnikami VAT, w tym w mechanizmie podzielonej płatności.

• Sankcje za naruszenie przepisów KSeF: według obowiązujących przepisów kary stosuje się od 1 stycznia 2027 r. (do 100% VAT z faktury wystawionej poza systemem albo do 18,7% należności); projekt UD477 przewiduje odroczenie do 1 stycznia 2028 r. oraz model „przypomnienie – czynności sprawdzające” w 2027 r. – stan prac na dzień szkolenia.

• Wdrożenie dodatkowych funkcjonalności w KSeF, w tym „automatycznego” generowania pliku JPK_VAT.

III. Pakiet zmian w VAT od 1 stycznia 2027 r. – uproszczenia i nowe obowiązki (ustawa z 4 września 2026 r.)

• Brak obowiązku składania informacji o spisie z natury w przypadku likwidacji działalności gospodarczej.

• Nabycie od podmiotów zagranicznych towarów i usług zwolnionych z VAT – nabywca nie jest już podatnikiem i nie wykazuje tych transakcji w JPK_VAT, VAT-8 ani VAT-9M.

• Zmiany w przepisach dotyczących rejestracji podatników:

  • nowe przypadki odmowy rejestracji podatnika VAT,

  • wykreślenie podatnika z rejestru VAT na podstawie wniosku do CEIDG lub wykreślenia z KRS – rezygnacja z druku VAT-Z,

  • przywrócenie zarejestrowania podatnika jako podatnika VAT czynnego,

  • uproszczenia w zakresie składania zgłoszenia aktualizacyjnego VAT-R,

  • możliwość wstecznego sprawdzania statusu podatnika na wybrany dzień (do 5 lat poprzedzających rok weryfikacji).

• WNT środków transportu: likwidacja obowiązku zapłaty VAT w ciągu 14 dni dla rozliczających się w JPK_V7 lub VAT-8, utrzymanie terminu dla rozliczających się na VAT-10 oraz elektroniczna informacja o nabytym pojeździe z kopią faktury.

• Zwolnienie podmiotowe – wliczanie do limitu przemieszczeń własnych towarów do innych państw UE (art. 13 ust. 3); sprzedaż za 2026 r. liczona według dotychczasowych zasad.

• Ulga na złe długi u małych podatników stosujących metodę kasową – korekta nie wcześniej niż w okresie powstania obowiązku podatkowego.

• Stawka 0% dla usług ubezpieczenia oraz usług dotyczących importu towarów zwolnionych, wliczonych do podstawy opodatkowania importu.

• System kaucyjny – stawka VAT dla niezwróconych kaucji już od 1 grudnia 2026 r.

• Zmiany w zakresie kas rejestrujących (część przepisów od 1 lipca 2027 r. i 1 stycznia 2028 r.):

  • obowiązek złożenia wniosku o wyrejestrowanie kasy rejestrującej,

  • kara 300 zł za brak wyrejestrowania nieużywanej kasy,

  • zasady prowadzenia serwisu dla kas wirtualnych,

  • zakaz wymiany pamięci fiskalnej w kasach z elektronicznym zapisem kopii.

• Możliwość odrębnej rejestracji jako podatników VAT małżonków prowadzących działalność rolniczą (wyrok TSUE C-697/20).

• Nowa instytucja składu VAT – w zarysie: zezwolenia naczelnika urzędu skarbowego, stawka 0%, maksymalnie 24 miesiące, towary z załącznika nr 17.

• Sygnalizacyjnie: elektroniczne terminale TAX FREE (od 1 lipca 2028 r.) oraz projektowane przedłużenie odwrotnego obciążenia dla gazu, energii i uprawnień do emisji do 30 czerwca 2030 r. (projekt UD477).

IV. Weryfikacja kontrahentów, prawo do odliczenia i solidarna odpowiedzialność

Nabycie towarów i usług od podatników, którzy nierzetelnie rozliczają się ze swoich zobowiązań podatkowych, stało się istotnym problemem, występującym nawet u podmiotów dokonujących rzetelnej analizy kontrahentów. Negatywna weryfikacja przez organ podatkowy może skutkować pozbawieniem prawa do odliczenia podatku naliczonego, a nawet solidarną odpowiedzialnością za cudze zobowiązania. Od 1 stycznia 2027 r. ryzyko to obejmie także powszechnie nabywane usługi.

• Nabycie towarów lub usług od nierzetelnego kontrahenta – brak prawa do odliczenia czy solidarna odpowiedzialność?

  • Przypadki solidarnej odpowiedzialności za VAT niezadeklarowany przez sprzedawcę.

  • Kiedy nabywca nie może odliczyć VAT w związku z faktem, że podatek nie zostanie wykazany przez sprzedawcę?

  • Czy brak prawa do odliczenia i solidarna odpowiedzialność mogą być stosowane jednocześnie? – wyrok TSUE z 10 lipca 2025 r. w sprawie C-276/24.

  • Istota należytej staranności jako podstawa zachowania prawa do odliczenia i uniknięcia solidarnej odpowiedzialności.

• Brak prawa do odliczenia wynikający z przepisów o VAT:

  • Nabycie towarów i usług udokumentowane fakturą niezgodną z rzeczywistością.

  • Nadużycie prawa zamiast pozorności i obejścia prawa – nowe brzmienie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. c i odesłanie do art. 5 ust. 5 ustawy o VAT (wyrok TSUE C-114/22).

• Solidarna odpowiedzialność nabywcy od 1 stycznia 2027 r.:

  • Towary z załącznika nr 15 – przejście z PKWiU na Nomenklaturę Scaloną (CN); usługi nadal według PKWiU.

  • Usługi niematerialne z nowego załącznika nr 16: oprogramowanie i doradztwo IT, hosting, usługi rachunkowo-księgowe, doradztwo biznesowe i zarządcze, reklama, badania rynku, B+R, usługi związane z zatrudnieniem i obsługą biura.

  • Przesłanka odpowiedzialności: nabywca wiedział lub miał uzasadnione podstawy przypuszczać, że VAT nie zostanie wpłacony (m.in. cena bez uzasadnienia niższa od rynkowej).

  • Limity ochronne: faktura do 15 000 zł brutto, chyba że usługi od jednego usługodawcy przekroczą w miesiącu 50 000 zł netto.

  • Split payment jako tarcza i jej granice – brak ochrony, gdy nabywca wiedział o fakturze fikcyjnej, wystawionej przez podmiot nieistniejący lub dokumentującej nadużycie prawa.

  • Jak przed końcem 2026 r. przygotować procedurę weryfikacji usługodawców i zasady płatności.

• Zapłata na rachunek bankowy spoza „Białej Listy” – praktyczne sposoby weryfikowania przez organy skarbowe i wykorzystanie wstecznego sprawdzania statusu kontrahenta.

• Solidarna odpowiedzialność członków Grupy VAT.

V. Automatyzacja kontroli MF i KAS – jak fiskus wykorzystuje dane podatników

• Źródła danych: KSeF (pełna treść faktur w czasie zbliżonym do rzeczywistego), JPK_V7, JPK_CIT, STIR, kasy online, KRS, CEIDG i wykaz podatników VAT.

• Algorytmiczne typowanie do kontroli: analiza ryzyka, profile podatników i krzyżowe zestawianie danych z rozliczeniami kontrahentów.

• Czynności sprawdzające zamiast kontroli podatkowej – związek z nowym progiem korekty urzędowej (10 000 zł) i projektowanym modelem reakcji na pomijanie KSeF w 2027 r.

• Najczęstsze sygnały ostrzegawcze: rozbieżności między KSeF a JPK_VAT, korekty faktur, płatności bez numeru KSeF lub poza „Białą Listą”, transakcje z podmiotami wykreślonymi z rejestru.

• Co wdrożyć w firmie: cykliczne uzgadnianie KSeF – JPK – płatności, procedurę odpowiedzi na wezwania i „przypomnienia” urzędu oraz dokumentowanie należytej staranności.